Теория, пользующаяся на 2010 год наибольшей поддержкой, состоит в том, что легенда о крысолове отразила в себе историю немецкого движения на Восток, обусловленного перенаселением и действовавшим в Средние века законом майората, при котором наследство отца полностью переходило старшему сыну, в то время как младшим предлагалось самим устраивать свою судьбу. Действительно, в Трансильвании, Саксонии и т. д. есть определённое количество местечек, чьи имена лингвистически связаны с Гамельном (ср. Квергамельн (нем. Querhameln) в Нижней Саксонии).
Подобный взгляд на легенду предполагает, что флейтист был на самом деле вербовщиком, задача которого состояла в том, чтобы уговорить юношей, девушек, а также молодые семьи с детьми переселиться в ещё необжитые регионы. Основой подобного взгляда служит то, что в немецком языке слово Kinder может обозначать не только «детей», то есть малышей, но и при поэтическом употреблении — уроженцев некоей местности (ср. «мы дети твои, Россия»).
В этом случае полагается, что инициатором переселения выступил Николас фон Шпигельберг, местный знатный сеньор, он же якобы повёл колонну переселенцев к морю.
Журналист С. Макеев уверяет, что нашёл свидетельства тому — рисунок путешественника, барона Августина фон Мёрсперга, скопировавшего витраж гамельнской церкви, на котором на дальнем плане, рядом с фигурами дудочника и детей изображены три оленя. Эти же три оленя имелись и на гербе фон Шпигельбергов. С. Макеев утверждает также, что ему удалось отыскать некую хронику, где якобы упоминается об отъезде переселенцев в количестве 130 человек из Гамельна в июне 1284 года в Кольберг, где они погрузились на корабль, и гибели их во время шторма 26 июня 1284 года. К сожалению, своего источника журналист не называет, потому проверить эти сведения не представляется возможным.
О том же говорят в своём исследовании новозеландский писатель Морис Шедболт и немецкий криптолог Ганс Доббертин, полагающие реальной основой легенды эмиграцию в восточные земли. Они также полагают, что в роли загадочного дудочника выступил немецкий колонизатор граф Николас фон Шпигельберг, уговоривший недовольных жизнью безработных подростков попытать счастья в восточных землях. Доббертин уверен, что Шпигельберг с детьми отправились на северо-восток на корабле, который затонул, унеся с собой всех бывших на борту, недалеко от польской деревушки Копань. А бросавшийся в глаза наряд крысолова весьма похож на одежды, которые носила знать уровня Шпигельберга. Что касается избавления города от крыс, то Шедболт настаивает на том, что это очевидный пример реагирования крыс на высокочастотный звук, издаваемый оловянными дудочками, повсеместно используемыми ловцами крыс.
Ещё одна версия той же гипотезы, опубликованная в газете Saturday Evening Post[38], предполагает инициатором переселения Бруно фон Шаубурга, епископа Оломоуцкого, чьим агентом собственно и выступал пёстрый флейтист. Задача состояла в том, чтобы найти достаточно эмигрантов, желающих переселиться в Моравию (нынешняя Чехия). Епископ же, в свою очередь, исполнял приказ богемского короля Оттокара II.
Американская исследовательница Шейла Харти, в свою очередь, выдвигает гипотезу о том, что легенда о пёстром флейтисте служит на самом деле эвфемизмом малопочтенной сделки — по её мнению, речь идёт о продаже в рабство некоему вербовщику из прибалтийских земель большой партии незаконнорождённых, сирот или нищих, не имевших возможности защитить себя. Действительно, подобная практика была достаточно распространена в названное время, а сам факт того, что легенда лишь отрывочно и глухо упоминается в городской хронике, по мнению исследовательницы, свидетельствует о её незаконном характере.
Вольфганг Мидер, в свою очередь, обращает внимание на то, что существуют документы той эпохи, свидетельствующие о заселении Трансильвании саксонцами, в том числе жителями Гамельна, причём переселение осуществлялось именно в то время, о котором рассказывает легенда, и было вызвано необходимостью вновь заселить Трансильванию, опустошённую монгольским нашествием.
Крысы, как полагают защитники эмиграционной теории, были добавлены в легенду позднее под влиянием факта, что в средневековых городах они действительно представляли собой большую проблему, причём для борьбы с грызунами иногда нанимались профессиональные крысоловы.
Урсула Сауттер со ссылкой на Юргена Удольфа выдвигает гипотезу о том, что легенда о флейтисте исторически связана с германской колонизацией прибалтийских земель, широко развернувшейся после поражения датчан при Борнховеде (1227). В это время епископы и герцоги Померании, Бранденбурга, Укермарка, и Пригница, заинтересованные в распространении на эти земли, в то время принадлежавшие славянам, германского влияния, направляли в города многочисленных вербовщиков, призванных сулить награды всем, кто пожелает переселиться туда. Призыв не остался без ответа, и тысячи колонистов из Нижней Саксонии и Вестфалии устремились на Восток. Память о переселении хранят 12 деревень с характерными вестфальскими именами, вытянувшихся по прямой по направлению к Померании (пять из них носят имя Гинденбург, три — Шпигельберг и три — Беверинген). Последнее представляется особенно важным, если вспомнить, что к югу от Гамельна расположено местечко Беверунген.
Дик Истмен, также опираясь на исследования Удольфа, обращает внимание на то, что в польских землях до сих пор живёт множество людей с типично саксонскими фамилиями. Пёстрый флейтист был, по его мнению, всего лишь ярко одетым вербовщиком, у которого, как у всех людей его профессии, имелся хорошо подвешенный язык. Поражение датчан в 1227 году положило конец их гегемонии в Восточной Европе, и, таким образом, для немцев открылся путь в Померанию и Прибалтику. Особенно велико было количество переселенцев во второй половине XIII века, что в достаточной мере согласуется с легендой. Истмен также обращает внимание, что в современной Польше можно найти людей с фамилиями Гамелин, Гамель и Гамелинков, что прямо отсылает нас к имени их прежней родины.
Впрочем, несмотря на внешнюю убедительность, эмиграционная теория не лишена изъянов. Отмечается, что цеховая организация, существовавшая в городах в то время, препятствовала исходу молодёжи. Нет также никаких доказательств, что именно она легла в основу легенды. Непонятен и механизм, способный преобразовать столь ясное и недвусмысленное событие, как эмиграция, в мистическую легенду о флейтисте.
