Как полагают, впервые чума пришла в Европу вместе с торговыми караванами, двигавшимися из Китая по Великому шёлковому пути, в начале XIV века. В 1347—1348 годах она превратилась в пандемию, от которой погибло до трети тогдашнего населения, от чумы вымирали целые деревни. Пришедшая с Востока эпидемия, как полагают, началась в Кафе, осаждённой войсками крымского хана Джанибека, откуда распространилась по всей Европе, по другим сведениям — в Италии, бывшей в то время центром торговли между Европой и странами Востока. Болезнь распространяли чёрные крысы, во множестве проникавшие в города из корабельных трюмов, в дальнейшем болезнь уже распространялась от человека к человеку при контакте с заболевшим или его вещами.
В Германию чума пришла осенью 1349 года, причинив страшные опустошения.
Предполагают, что именно гибель огромного количества молодёжи и детей стала основой легенды о пёстром дудочнике — то есть демоне смерти, уведшем их за собой. Сторонники этой версии указывают на возникший в Средние века символизм Пляски смерти (нем. Totentanz), причём изображающий смерть скелет иногда обряжался в разноцветные лохмотья или пёстрые одежды (подобные рисунки известны, в частности, по немецким манускриптам того времени).
Были также попытки увидеть в «пёстром одеянии» флейтиста, о котором упоминают даже самые ранние варианты легенды, чёрные и синие пятна, которые появляются на теле больного бубонной чумой. В книгах, посвящённых мистериям смерти, часто изображались менестрели и дудочники, аккомпанирующие безудержной пляске, иногда сама Смерть принимала вид трубадура, музыканта.
Полагают, что именно жестокая эпидемия, ставшая причиной гибели большого количества детей и подростков в средневековом Гамельне, могла в народном сознании превратиться в легенду о таинственном дудочнике, уводящем с собой танцующих детей в царство смерти, «за гряду холмов» (нем. Coppen), откуда никто из них уже не смог вернуться назад.
Однако и эта версия, кажущаяся убедительной, приходит в противоречие с легендой, так как описанные в хронике события произошли более чем за полвека до эпидемии Чёрной смерти, в то время как в конце XIII века крупных эпидемий не зафиксировано.
